Mit dem Innovationsfonds wird eine Förderung von Projekten aufgelegt, die in den drei Handlungsfeldern des Bundesprogramms „Demokratie leben!" – Demokratieförderung, Vielfaltsgestaltung und Extremismusprävention – „als Impulse gegen aktuelle demokratiefeindliche Handlungen wirken“ sollen (BAFzA, 4). Ausgangspunkt für die Förderung sind aktuelle demokratiefeindliche Entwicklungen, wie z.B. Einschüchterungs- und Bedrohungs- und Verdrängungsszenarien zivilgesellschaftlichen Engagements, gehäuft vorkommende niedrigschwellige demokratiefeindliche Handlungen und demokratiefeindliche Gewalt- und Konfliktszenarien. Aufgabe der Projekte ist es, „kurz- und mittelfristige Interventionen und Konfliktbearbeitungen oder bislang im Bundesprogramm unterrepräsentierte Handlungsansätze“ zu erproben.

Im Rahmen der wissenschaftlichen Begleitung des Bundesprogramms werden die durch den Innovationsfonds geförderten Projekte nach dem Ansatz einer „developmental evaluation“ in Lernwerkstätten begleitet. Hierbei wird eine kritische Reflexion der Projektumsetzung angestoßen und gleichzeitig ein gegenseitiger Lernprozess zwischen den Projekten gefördert. Für einen inhaltlichen und methodischen Bezug zwischen den Projekten, werden die Lernwerkstätten entlang unterschiedlicher Themencluster organisiert. Um vertiefende Erkenntnisse über Problemverständnisse, Handlungsstrategien, Faktoren, Ergebnisse und Wirkungen zu erhalten, werden ausgewählte Projekte einer vertiefenden Analyse unterzogen, welche mittels qualitativer Interviews und teilnehmenden Beobachtungen realisiert wird.